Sfp 408 nl veldprotocol LSVI stilstaande wateren

[Florian9041]

Description

Veldprotocol LSVI stilstaande wateren 31xx en 2190a

Related Issue

Task list

Steps by contributor:

• Add description to this pull request (under "## Description")
• Open the dropdown (triangle) near 'create pull request' and choose 'Create draft pull request'
• Check for potential problems by running protocolhelper::check_frontmatter() and address them
• Check for potential problems by running protocolhelper::check_structure() and address them
• Add further commits if needed and push them to GitHub
• Update the protocol-specific NEWS.Rmd
• Mark the pull request as 'ready for review'

Review steps for the author(s):

• Add reviewers, at least one subject-matter specialist and one administrator
• Wait for review comments and address them
• Iterate until reviewer approvals (merging the pull request will be done by an administrator)
• Verify that the checks done by continuous integration succeeded. These will check if protocolhelper::check_frontmatter() and protocolhelper::check_structure() succeeded without errors.

To be done by an administrator after review: see guidelines for admins.

[hansvancalster]

@Florian9041 kan je aanduiden bij "steps by contributor" (cf je eerste bericht in deze conversation) welke stappen je al gedaan hebt?

[Florian9041]

Steps by contributor:

• Check for potential problems by running protocolhelper::check_frontmatter() and address them

@hansvancalster Dit geeft de volgende foutmelding (bij check_frontmatter("sfp-408-nl"):
Error in libgit2::git_checkout_tree :
failed rmdir - 'C:/Users/florian_vanhecke/Documents/Projecten/protocolsource/source/sfp/4_vegetation/sfp_408_nl_lsvi_stilwater/' is locked: Toegang geweigerd.

[hansvancalster]

Steps by contributor:

• Check for potential problems by running protocolhelper::check_frontmatter() and address them

@hansvancalster Dit geeft de volgende foutmelding (bij check_frontmatter("sfp-408-nl"): Error in libgit2::git_checkout_tree : failed rmdir - 'C:/Users/florian_vanhecke/Documents/Projecten/protocolsource/source/sfp/4_vegetation/sfp_408_nl_lsvi_stilwater/' is locked: Toegang geweigerd.

Dat is een lokaal probleem dat te maken heeft met schrijfrechten, maar je mag er vanuit gaan dat de checks allemaal slagen want ze worden ook hier in deze PR getest en daar slagen ze (zie het groene vinkje bij "check the protocol on pull request").

[Florian9041]

@hansvancalster klopt het dat het nu als "ready to review" staat?
Ik weet niet hoe ik de status moet veranderen

[hansvancalster]

@hansvancalster klopt het dat het nu als "ready to review" staat? Ik weet niet hoe ik de status moet veranderen

Ja klopt, de status kan je veranderen bij "convert to draft"

[anleyssen]

Het ziet er al goed uit. Ik heb nog enkele suggesties voor aanpassingen via comments toegevoegd.

[hansvancalster]

@Florian9041 als je klaar bent met de requested changes van An, moet je haar nog vragen om dit na te kijken en te approven. Ik zag ook nog een error van check_frontmatter: je moet de subtitle lijn verwijderen uit index.Rmd als er geen subtitle is. Je kan An om een nieuwe review vragen bovenaan rechts door op de re-request review knop naast haar naam te klikken

[Florian9041]

@anleyssen ik denk dat nu alles in orde is. Ik heb opnieuw een review door jou aangevraagd, wanneer dit voor jou goed is kan ik ook aan @hansvancalster een 2de review vragen om alles af te ronden.

[Florian9041]

Dag An, In de Rmd van hoofdstuk Werkwijze op github is dit opgelost. De term vegetatieopname is vervangen. Dit moet dan een oude versie zijn? Groeten Florian Op ma 17 nov 2025 om 15:46 schreef An Leyssen ***@***.***>:

…

***@***.**** commented on this pull request. ------------------------------ In source/sfp/4_vegetation/sfp_408_nl_lsvi_stilwater/07_werkwijze.Rmd <#142 (comment)>: > +Dit kan in wijzerszin of tegenwijzerzin gebeuren, afhankelijk van de stand van de zon. +Waden met de zon in de rug is optimaal, omdat dit de zichtbaarheid van de submerse vegetatie vergroot en de reflectie beperkt. +Bij ondiepe plassen wordt zig-zag-gewijs van de oever naar het centrale deel van de plas gewaad om een beeld te krijgen van de volledige plas. +Afhankelijk van de grootte van de plas, de diversiteit aan soorten en de vegetatiedichtheid zal het zigzag-patroon meer of minder dens zijn. + +Bij diepe, vegetatierijke plassen wordt het centrale deel met een boot geïnventariseerd, waarbij de vegetatie door middel van een dreghark wordt opgehaald. +Eerst wordt de kolonisatiediepte bepaald, dit is de maximale diepte waar er vegetatiegroei wordt waargenomen. +Daarna wordt de vegetatiezone in transecten gevaren, waarbij op verschillende dieptes de vegetatie met een dreghark wordt bemonsterd. +Het diepe onbegroeide deel wordt tenslotte sporadisch bemonsterd om te checken op vegetatie. + +De vegetatieopname wordt beperkt tot het waterdeel en de oeverzone die frequent onder water komt te staan. +Bij plassen met een zeer geleidelijk talud, bijvoorbeeld bij habitattype 3160, kan de overgang van de oeverzone soms breed zijn; hier wordt echter de directe oeverzone inbegrepen in de opname. +Bij twijfel wordt de screening beperkt tot de contour van watervlakken; deze toont de begrenzing door de winterwaterstand. +De meer afgelegen oeverzone kan in dit geval deel uitmaken van een ander habitattype (hoogveen/natte heide) en aldus volgens een ander protocol worden beoordeeld. + +**Bedekking individuele soorten** Eerst wordt een lijst van de aanwezige sleutel- en indicatorsoorten opgesteld (Zie veldformulieren [Bijlage 2 t.e.m. 8](#bijlage2) en Oosterlynck et al. 2020). dit lijkt nog niet in orde te zijn in de gecompileerde pdf — Reply to this email directly, view it on GitHub <#142 (comment)>, or unsubscribe <https://github.com/notifications/unsubscribe-auth/BAVR4QLVUVZISENG2T6XPID35HNUJAVCNFSM6AAAAACJL5QSMKVHI2DSMVQWIX3LMV43YUDVNRWFEZLROVSXG5CSMV3GSZLXHMZTINZTGA4TGNBUGY> . You are receiving this because you were mentioned.Message ID: ***@***.***>

-- Junior Onderzoeker - Ecoloog Team Estuaria Instituut voor Natuur- en Bosonderzoek (INBO), Brussel

[anleyssen]

Op twee kleinigheidjes na, is het in orde voor mij

[Florian9041]

@hansvancalster dan heb ik alleen nog jouw goedkeuring nodig denk ik voor de publicatie.

[Florian9041]

@hansvancalster is in orde nu

[hansvancalster]

@hansvancalster is in orde nu

Ik vermoed dat de tekst nu twee keer verschijnt in de pdf / html. Ik denk dat het enkel tussen die description start end moet geplaatst worden. Heb je dat gecheckt?

[hansvancalster]

@hansvancalster is in orde nu

Nog vergeten te zeggen dat je ook nog checklist::update_citation() moet uitvoeren om te zorgen dat die description ook in .zenodo.json wordt toegevoegd. (cf protocolhelper::check_all() die dit aangeeft)

[Florian9041]

Dag Hans, Als ik dit uitvoer krijg ik de volgende error:

checklist::update_citation()

[image: image.png] Show Traceback [image: image.png] Rerun with Debug Error: No checklist.yml found at `C:/Users/florian_vanhecke/Documents/Projecten/protocolsource` or its parents. Op do 20 nov 2025 om 14:32 schreef Hans Van Calster < ***@***.***>:

…

*hansvancalster* left a comment (inbo/protocolsource#142) <#142 (comment)> @hansvancalster <https://github.com/hansvancalster> is in orde nu Nog vergeten te zeggen dat je ook nog checklist::update_citation() moet uitvoeren om te zorgen dat die description ook in .zenodo.json wordt toegevoegd. (cf protocolhelper::check_all() die dit aangeeft) — Reply to this email directly, view it on GitHub <#142 (comment)>, or unsubscribe <https://github.com/notifications/unsubscribe-auth/BAVR4QM3ZY6B6QNENC3T7N335W7IJAVCNFSM6AAAAACJL5QSMKVHI2DSMVQWIX3LMV43OSLTON2WKQ3PNVWWK3TUHMZTKNJYGA4DKMZSG4> . You are receiving this because you were mentioned.Message ID: ***@***.***>

-- Junior Onderzoeker - Ecoloog Team Estuaria Instituut voor Natuur- en Bosonderzoek (INBO), Brussel