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yongfanbeta/eicu-skill

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eICU-Skill

Query the eICU Collaborative Research Database 2.0 / 查询 eICU 协作研究数据库 2.0。

Generates SQL and Python code for extracting ICU data (vital signs, labs, GCS, diagnoses) from PostgreSQL. Supports both direct SQL queries and Python (psycopg2) scripts.

🚀 一键安装(推荐)

OpenClaw / QClaw 用户

# 方法1:通过 skillhub 一键安装(推荐)
skillhub install eicu-skill

# 方法2:通过 ClawHub 安装
openclaw skill install https://clawhub.ai/skills/eicu-skill

# 方法3:本地安装(已下载 .skill 文件)
openclaw skill install ./eicu-skill.skill

Claude Code 用户

方法1:从统一市场安装(推荐)

# 步骤1:添加 OAMD 插件市场(包含 mimic-skill 和 eicu-skill)
/plugin marketplace add https://github.com/yongfanbeta/OAMD-marketplace

# 步骤2:安装 eicu-skill
/plugin install eicu-skill

# 步骤3:重载插件系统
/reload-plugins

方法2:从 GitHub 仓库直接安装(单个仓库)

# 添加单个仓库作为 marketplace
/plugin marketplace add https://github.com/yongfanbeta/eicu-skill

# 安装插件
/plugin install eicu-skill

方法3:本地开发模式(测试用)

# 克隆仓库到本地
git clone https://github.com/yongfanbeta/eicu-skill.git ~/.claude/plugins/eicu-skill

# 启动 Claude Code 并加载插件
claude --plugin-dir ~/.claude/plugins/eicu-skill

Codex 用户

Codex App:

  1. 点击侧边栏的 Plugins
  2. 搜索 eicu-skill
  3. 点击 + 安装

Codex CLI:

# 搜索插件
/plugins

# 搜索 eicu-skill
eicu-skill

# 选择 Install Plugin

Cursor 用户

在 Cursor Agent 聊天中输入:

/add-plugin eicu-skill

或者:

  1. 打开插件市场
  2. 搜索 eicu-skill
  3. 点击安装

手动安装(所有智能体通用)

  1. Releases 下载 eicu-skill.skill
  2. 将文件重命名为 eicu-skill.zip 并解压
  3. 将解压后的 eicu-skill/ 文件夹复制到智能体的 skills 目录(例如 ~/.qclaw/skills/
  4. 重启智能体

📖 使用方法

# 示例:查询 eICU 数据
请帮我提取 eICU 数据库中第一个 ICU 停留的生命体征数据

🔍 支持的查询类型

查询类型 说明
患者基本信息 patient 表(年龄、性别、种族、APACHE IV 诊断等)
生命体征(周期性) vitalperiodic 表(心率、血压、体温等,每1-5分钟记录)
生命体征(非周期性) vitalaperiodic 表(有创血流动力学监测数据)
生命体征(护理记录) nursecharting 表(护理记录中的生命体征)
体格检查(GCS等) physicalexam 表(格拉斯哥昏迷评分等)
实验室检查 lab 表(白蛋白、肌酐、血糖、电解质等)
血气分析 可从 lab 表或动脉血气相关字段提取
尿量输出 urineoutput 表
血管活性药物 vasopressor 表(去甲肾上腺素、多巴胺等)
输液记录 infusion 表
体重 weight 表
氧合指标 可从 vitalperiodic 或 lab 表提取
诊断与 APACHE 分组 patient 表的 apacheadmissiondx 字段

⚠️ 重要提示

1. 时间表示(与 MIMIC-IV 的重要区别!)

  • eICU:使用偏移量(分钟),所有偏移量相对于 ICU 入院时间

    • offset = 0:ICU 入院时刻
    • offset = 60:入院后 60 分钟(1 小时)
    • offset = 1440:入院后 1440 分钟(24 小时)
  • MIMIC-IV:使用绝对时间戳TIMESTAMP 类型)

2. 关键时间字段

字段名 说明
hospitaladmitoffset 医院入院偏移量
hospitaldischargeoffset 医院出院偏移量
unitdischargeoffset ICU 出院偏移量(用于计算 ICU 住院时长
observationoffset 生命体征记录偏移量
nursingchartoffset 护理记录偏移量
labresultoffset 实验室检查结果偏移量

计算 ICU 住院时长(小时)

ROUND(unitdischargeoffset/60) AS icu_los_hours

3. 数据质量与性能优化

数据质量

  • 缺失率高:eICU 的数据完整性低于 MIMIC-IV
  • 异常值:查询时始终添加合理性检查(例如 heartrate BETWEEN 25 AND 225
  • 文本值:部分生命体征值是文本(例如 '80s' 表示"80多岁"),需要清洗

性能优化

大表(来自 eicu-code 统计):

  • nursecharting:约 1.51 亿行
  • lab:约 3913 万行
  • vitalperiodic:约 1.46 亿行
  • vitalaperiodic:约 2507 万行
  • patient:约 20 万行

优化技巧

  1. patientunitstayid 过滤(最重要!)
  2. 限制时间范围observationoffset BETWEEN 0 AND 1440
  3. 添加 LIMIT 子句(测试时)
  4. 使用 EXPLAIN 分析查询计划
  5. 考虑创建物化视图CREATE MATERIALIZED VIEW

📚 参考资料

📦 发布文件

🤝 贡献

欢迎提交 Issue 和 Pull Request!

📄 许可证

MIT License

About

AI agent Skill for querying the eICU 2.0 critical care database - SQL & Python query templates for ICU data extraction

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