丢论文进去，编译出知识图谱。
不是 RAG：Claude Code 或 Codex 逐页读完材料，写成带引用的笔记，再综合出概念与研究空白。
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在 Claude Code 中运行：
/plugin marketplace add u7079256/paper-wiki
/plugin install paper-wiki@paper-wiki
全局入口是 /paper-wiki:wiki-*。更新 marketplace：
/plugin marketplace update paper-wiki。
Codex 端安装的是 plugin + skill，不是把 Claude Code 的 slash commands 原样搬过去。同一套 Codex plugin 可供 Codex app、CLI 和 IDE extension 使用； 下面以可复现的 CLI 路径为主。先确认当前版本提供 plugin 命令：
codex plugin --help推荐用 CLI，步骤可复现，也适合远程开发机：
codex plugin marketplace add u7079256/paper-wiki
codex plugin add paper-wiki@paper-wiki
codex plugin list也可以先运行第一条命令注册 marketplace，然后启动 codex，在 Codex
输入框输入 /plugins，切换到 Paper Wiki marketplace 并选择安装。安装完成后
请新开一个 Codex task，让新的 skill 清单进入会话。
Note
codex plugin ... 在 PowerShell、Bash 等终端里运行；/plugins 和
$paper-wiki:paper-wiki 则输入到 Codex task 的对话框。前半段是 plugin
namespace，后半段是 skill 名；它不是环境变量，也不是 shell 命令。
全局 plugin 安装后，显式入口是 $paper-wiki:paper-wiki <action>：
$paper-wiki:paper-wiki init
$paper-wiki:paper-wiki compile
$paper-wiki:paper-wiki critique wiki/papers/example.md
$paper-wiki:paper-wiki teach "这个 wiki 中的方法分成哪几类？"
也可以直接用自然语言，例如：“用 paper-wiki 编译当前 wiki 的新材料”。显式写
$paper-wiki:paper-wiki 更适合第一次使用或需要固定 action 的场景。
bootstrap 生成的项目会自带
.agents/skills/paper-wiki-project/SKILL.md，因此即使没有安装全局 plugin，进入
项目后也能这样调用：
$paper-wiki-project wiki-init
$paper-wiki-project wiki-compile
$paper-wiki-project wiki-teach "解释这个概念"
codex plugin marketplace upgrade paper-wiki
codex plugin add paper-wiki@paper-wiki
codex plugin marketplace list --json
codex plugin list --marketplace paper-wiki --available --json刷新 marketplace 后重新执行 plugin add，再新开 task 使用新版 skill。
plugin 内置一个 SessionStart 更新检查 hook。启用后，每次新会话会启动一个轻量
后台 worker。某个已安装版本成功检查后，后续会话会在 24 小时内复用它自己的缓存；
不同安装版本使用独立的
~/.cache/paper-wiki/update-check-<version-hash>.json，不会让 Claude Code 与 Codex
之间版本串线。首次并发启动的会话可能各自发起检查，网络或 HTTP 失败也不会写入
成功缓存，因此后续会话可能重试。hook 只保存是否有更新、已安装版本、最新版本和检查
时间，只负责提醒，不会自动下载、安装或更新任何内容；提醒中会显示对应 runtime 的
更新命令。
Codex 会自动发现 hooks/hooks.json，但安装或启用 plugin 不等于信任它的 hook。
首次运行前请审查 hook，并在 Codex 的 trust 提示中明确允许；拒绝或跳过不会影响
$paper-wiki:paper-wiki，只是不会运行后台检查或显示更新提醒。
目前采用 GitHub marketplace 分发，还不是 OpenAI curated Plugins Directory 中的官方条目：
GitHub 仓库
→ .agents/plugins/marketplace.json # 让 Codex 发现 paper-wiki
→ .codex-plugin/plugin.json # 声明插件元数据和 skills/
→ skills/paper-wiki/SKILL.md # 提供全局 $paper-wiki:paper-wiki
→ $CODEX_HOME/plugins/cache/... # Codex 管理的本地安装副本
用户只需添加一次 GitHub marketplace。仓库是发布源，cache 是 Codex 的内部安装
副本，不应手动修改。.agents/plugins/marketplace.json 中的 source.path 是
./，所以同一个 GitHub 仓库既是 marketplace root，也是 plugin root，不需要再维护
一份 Codex 专用 fork。新版本发布时同步更新版本号并推送仓库；用户执行上面的
marketplace upgrade + plugin add 即可更新。若以后要让用户无需先添加 GitHub
仓库、直接在公共插件目录中发现，还需要走 OpenAI 的
plugin 提交流程。Codex plugin 与
marketplace 的官方结构说明见
Build plugins。
如果只想让某个 wiki 自包含，也可以直接
git clone https://github.com/u7079256/paper-wiki.git，再用 bootstrap 脚本创建
项目；生成项目不依赖全局 plugin，Claude Code 与 Codex 都能直接使用。
bootstrap 会生成一份双端自包含项目：
WIKI.md是唯一业务规则权威，保存 variant、schema、编译规则与禁止事项。CLAUDE.md和AGENTS.md都是薄适配层，只负责把对应 runtime 引向WIKI.md，不各自复制规则。- Claude Code 使用
.claude/commands/；Codex 使用.agents/skills/paper-wiki-project/SKILL.md。 research.md、raw/、wiki/由两端共享，切换后会看到同一份状态。
Important
同一 workspace 只能有一个写入者。 不要让 Claude Code 与 Codex 同时修改 同一个 wiki。切换前先等上一项任务结束，并检查工作树是否有未完成改动。
Claude Code 的 /wiki-* 是 slash commands；它们不会在 Codex 中原样变成
slash commands。Codex 加载的是 skill，所以使用 $paper-wiki:paper-wiki、
$paper-wiki-project 或自然语言点名 action。
| Action | Claude Code 项目内 | Codex 项目内 | 全局 plugin |
|---|---|---|---|
| 初始化 | /wiki-init |
$paper-wiki-project wiki-init |
Claude /paper-wiki:wiki-init；Codex $paper-wiki:paper-wiki init |
| 编译 | /wiki-compile |
$paper-wiki-project wiki-compile |
Claude /paper-wiki:wiki-compile；Codex $paper-wiki:paper-wiki compile |
| 搜论文 | /wiki-search-latest <主题> |
$paper-wiki-project wiki-search-latest <主题> |
Claude /paper-wiki:wiki-search-latest；Codex $paper-wiki:paper-wiki search |
| 审查 | /wiki-critique <文件> |
$paper-wiki-project wiki-critique <文件> |
Claude /paper-wiki:wiki-critique；Codex $paper-wiki:paper-wiki critique |
| 构思 | /wiki-ideate <gap> |
$paper-wiki-project wiki-ideate <gap> |
Claude /paper-wiki:wiki-ideate；Codex $paper-wiki:paper-wiki ideate |
| 查询/教学 | /wiki-teach <问题> |
$paper-wiki-project wiki-teach <问题> |
Claude /paper-wiki:wiki-teach；Codex $paper-wiki:paper-wiki teach |
Codex 也支持自然语言，例如：“按 paper-wiki 的 wiki-compile action 编译新材料”。
wiki-teach 是 paper-wiki 自带的中立查询 action，不依赖两端另装 /teach。
RAG: 提问 → 检索片段 → 拼答案 → 质量取决于切分与召回
Wiki: 源材料 → 逐页通读 → 编译笔记 → 综合概念 → 可持续维护的知识图谱
| RAG | LLM Wiki | |
|---|---|---|
| 何时读 | 查询时临时检索 | 编译时完整阅读 |
| 知识形态 | 碎片向量 | 结构化笔记 + 双向链接 |
| 跨源综合 | 弱 | 概念条目 + 研究空白 |
| 可信度 | 可能断章取义 | 每条主张标注出处 |
核心铁律：raw/ 只读且只追加；wiki/ 可重写；每条主张都能回溯到实际读过的
源材料；wiki 没有的内容明确说 not in wiki，不能拿模型记忆补齐。
wiki-init → 导入材料 → wiki-compile → wiki-critique → wiki-ideate
↓ ↓
wiki-search-latest ←── 覆盖缺口 ─┘
↓
wiki-compile → wiki-teach
research 变体使用 papers → concepts → gaps；course 变体使用
lectures + practice → topics。Scope fence 管边界，生命周期
BUILDING → ACTIVE → FROZEN 管扩展节奏。
Windows PowerShell：
git clone https://github.com/u7079256/paper-wiki.git
cd paper-wiki
.\scripts\bootstrap_new_wiki.ps1 -NewPath D:\my-wiki -Topic my-topic `
-ProjectName "My Wiki" -Variant research # 或 coursemacOS / Linux：
git clone https://github.com/u7079256/paper-wiki.git
cd paper-wiki
bash scripts/bootstrap_new_wiki.sh --path ~/my-wiki --topic my-topic \
--name "My Wiki" --variant research # 或 course然后任选一端启动：
cd D:\my-wiki
claude # 随后运行 /wiki-init
# 或
codex # 随后运行 $paper-wiki-project wiki-init完整无 GPU 示例见 examples/QUICKSTART.md，逐 action 教程见 docs/TUTORIAL.md。
.\scripts\bootstrap_new_wiki.ps1 -NewPath D:\my-wiki -Updatebash scripts/bootstrap_new_wiki.sh --path ~/my-wiki --update-Update / --update 会刷新受管的 Claude commands/agents、Codex 项目 skill、
薄适配层、manifest 和项目内协议文档；不会覆盖 WIKI.md、research.md、
项目 README.md、raw/ 或 wiki/。旧版 Claude-only 项目首次更新时，会先把
原完整 CLAUDE.md 迁移成 WIKI.md，再把 CLAUDE.md 收薄。若 variant 信息冲突，
脚本会停止，不会猜测。
扫描版、课件和图表密集 PDF 使用本地或远程 GPU OCR；不允许静默降级到 CPU。 Born-digital 论文可走 HTML/LaTeX 的无 OCR 路径。凭据只放环境变量，绝不能进仓库。
详见 docs/OCR-SETUP.md 与 docs/GOTCHAS.md。
paper-wiki/
├── .claude-plugin/ # Claude Code marketplace 元数据
├── .codex-plugin/ # Codex plugin manifest
├── .agents/plugins/ # Codex marketplace 元数据
├── skills/paper-wiki/ # 全局 plugin skill
├── commands/ # Claude slash adapters，正文共享 action 契约
├── agents/ # reviewer/searcher/ideator worker 定义
├── templates/{research,course}/ # WIKI.md + 薄 adapters + 项目 skill
├── scripts/ # bootstrap、OCR、PPTX 提取
├── docs/ # protocol、教程与方法论
└── examples/ # quickstart 与示例 wiki
bootstrapped-project/
├── WIKI.md # 唯一业务规则权威
├── CLAUDE.md # Claude Code 薄适配层
├── AGENTS.md # Codex 薄适配层
├── research.md # 两端共享状态
├── .claude/{commands,agents}/ # Claude Code 项目入口
├── .agents/skills/paper-wiki-project/SKILL.md
├── .paper-wiki/ # manifest + 自包含协议文档
├── raw/ # 只读源材料
└── wiki/ # 可维护的编译产物
机器契约见 docs/llm-wiki.protocol.yaml，当前版本
llm-wiki/1.1。
MIT
- mattpocock/skills — teach 启发了交互式教学方法；paper-wiki 现在把查询能力作为自身
wiki-teachaction 提供。 - 感谢早期使用者把真实项目里的方法论与坑带回这个仓库。