Gromacs-wsl-GPU

Install Gromacs on WSL2 Ubuntu 24.04

1.升级 WSL 2：在 Windows PowerShell （管理员权限）中执行

wsl --update       # 更新 WSL 内核

2.已经下载并修改好的脚本放在WIN11 DOWNLOADS文件夹下面：

D:\Downloads

Windows 的驱动器会在 WSL 中挂载到 /mnt/ 目录下。例如，C:\Users\用户名\Downloads 会在 WSL 中显示为 /mnt/c/Users/用户名/Downloads[learn.microsoft.com](https://learn.microsoft.com/en-us/windows/wsl/filesystems#:~:text=,user name>\Project)。因此，假设脚本保存在 Windows 的下载目录，你可以在 WSL 终端中查看它：

所以D:\Downloads对应WSL文件夹就是：/mnt/e/Sysdok/Downloads

3.检查 GCC 版本兼容性

运行：

gcc --version

默认 Ubuntu 24.04 安装的是 GCC 13.x。很多 CUDA 版本（包括 12.x）只兼容到 GCC 11 或 12。你需要安装一个兼容版本。

安装 GCC-11 并切换：

sudo apt install gcc-11 g++-11
sudo update-alternatives --install /usr/bin/gcc gcc /usr/bin/gcc-11 110 \
                         --slave /usr/bin/g++ g++ /usr/bin/g++-11
sudo update-alternatives --config gcc  # 选择 gcc-11
gcc --version  # 确认切换

3.复制到 WSL 主目录

cp /mnt/e/Sysdok/Downloads/install_gromacs_gpu.sh ~/

WINDOWS手动下载gromacs

https://manual.gromacs.org/documentation/current/download.html

https://ftp.gromacs.org/gromacs/gromacs-2025.2.tar.gz

**后复制到WSL ~**

cp /mnt/e/Sysdok/Downloads/gromacs-2025.2.tar.gz ~/

4.转换换行符并赋予执行权限 如果脚本是在 Windows 上创建的，可能包含 CRLF 换行符，需要用 dos2unix 转换（一般不需要转换）：

##dos2unix install_gromacs_gpu.sh
chmod +x install_gromacs_gpu.sh

5.运行脚本

在 WSL 终端中执行脚本即可：

./install_gromacs_gpu.sh

脚本会提示输入密码并完成安装。

每次重新安装，都需要彻底删除旧 build 目录

rm -rf build

每次修改 GPU 架构参数都要删！

6.安装完成后，执行

gmx --version

应显示版本信息。

*注意确保 Windows 主机已安装支持 WSL 的 NVIDIA 驱动，否则 CUDA 将无法工作。

gmx: command not found解决方法

你只需要重新加载 GROMACS 的环境配置脚本，或者重新打开终端。

方法：当前会话手动加载

source ~/gromacs-2025.2/bin/GMXRC.bash

然后再测试：

gmx mdrun -version
gmx gpus

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将 CHARMM36 力场添加到全局可用目录

1. 下载 charmm36-jul2022.ff.tgz

前往官方下载页面： https://mackerell.umaryland.edu/charmm_ff.shtml#gromacs

下载文件：charmm36-jul2022.ff.tgz

2. 将文件复制到 WSL Ubuntu 并解压

如果你下载的是 Windows 系统路径下：

cp /mnt/e/Sysdok/Downloads/charmm36-jul2022.ff.tgz ~/

然后解压：

cd ~
tar -xzf charmm36-jul2022.ff.tgz

你将得到：

~/charmm36-jul2022.ff/
├── forcefield.itp
├── aminoacids.rtp
├── ...

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3. 移动到 GROMACS 安装路径

###mkdir -p ~/gromacs-2025.2/share/top/
cp -r ~/charmm36-jul2022.ff ~/gromacs-2025.2/share/top/

确认：

ls ~/gromacs-2025.2/share/top/charmm36-jul2022.ff/forcefield.itp

每次使用需要将将 forcefield 文件夹复制到每次模拟的目录（最稳定），否则会报错。

✅ 方法 ：将 forcefield 文件夹复制到每次模拟的目录（最稳定）

步骤：

cp -r ~/gromacs-2025.2/share/top/charmm36-jul2022.ff ~/MD/

然后确保 .top 文件中的所有 #include 保持原样，比如：

#include "charmm36-jul2022.ff/forcefield.itp"
#include "charmm36-jul2022.ff/tip3p.itp"
#include "charmm36-jul2022.ff/ions.itp"

GROMACS 会在当前工作目录找到 charmm36-jul2022.ff，不再报错。

✅ 以后每次新建模拟目录，都复制一份 .ff 目录过去，是最保险的做法。