适用项目：海南大学·生物医学工程·医疗数据安全合规方向 最后更新：2026-06-29 跨设备兼容：所有脚本使用相对路径/命令行参数，拷贝到任意目录即可运行
以下指令假设你（AI Agent 或用户）在当前目录下，章节.md文件在 chapters/ 子目录中：
# 1. 查看目录结构
ls -la
# 2. Markdown → LaTeX 转换（输入: chapters/ 输出: chapters_tex/）
python toolchain/md2tex.py chapters chapters_tex
# 3. 修复残留Markdown粗体
python toolchain/fix_md_bold.py chapters_tex
# 4. 检测写作质量（所有章节）
python toolchain/validate_thesis.py style all
# 5. 编译PDF
xelatex --enable-installer thesis_main.tex
# 6. 检测编译后的Overfull问题
python toolchain/validate_thesis.py fix所有脚本均可在目录内通过相对路径调用。拷贝文件夹到新设备后无需修改任何路径。
Thesis-Toolkit/
├── README.md ← 本文件（使用说明）
├── toolchain/ ← 核心工具链脚本
│ ├── md2tex.py # Markdown → LaTeX 转换
│ ├── md_to_word_v2.py # Markdown → Word 转换
│ ├── validate_thesis.py # 论文质量三合一检测（format + style + fix）
│ ├── fix_md_bold.py # 修复残留Markdown粗体 **xxx** → \textbf{xxx}
│ ├── fix_tex_bold.py # TeX粗体修复辅助
│ ├── format_thesis.py # 论文格式化辅助
│ ├── generate_figures.py# 论文图表（matplotlib）生成
│ └── emr_crif_v2_model.py # 行为合规性评估模型 v2.0
└── skills/
└── thesis-formatter/ # WorkBuddy Skill：论文格式编排规范
└── SKILL.md
[1] 写稿阶段 → 章节文件（.md）
[2] md2tex.py → .tex 文件
[3] fix_md_bold.py → 清除残留Markdown
[4] validate_thesis.py → 检测报告
[5] 手动修复（根据报告） → 调表格、补引用
[6] xelatex 编译 → PDF
用途: 将博士论文章节Markdown文件转为LaTeX格式
用法: python toolchain/md2tex.py [输入目录] [输出目录]
示例: python toolchain/md2tex.py chapters chapters_tex
输入: chapters/01-第一章_绪论.md 等6章
输出: chapters_tex/chapter_01.tex 等
转换规则:
# 第一章 绪论 → \chapter{绪论} （一级标题）
## 1.1 研究背景 → \section{研究背景} （二级标题）
### 1.1.1 内容 → \subsection{内容} （三级标题）
**粗体** → \textbf{粗体} （加粗）
*斜体* → \textit{斜体} （斜体）
> 引用 → \begin{quote}...\end{quote}
|表格| → \begin{table}...\end{table}（tabular）
已验证: 175个标题全部正确映射（6章）
依赖: Python 3，无第三方包
用途: 将转换后残留的 **xxx** 全部替换为 \textbf{xxx}
用法: python toolchain/fix_md_bold.py [tex目录]
示例: python toolchain/fix_md_bold.py chapters_tex
效果: 修复18处，成功率100%
依赖: Python 3
用途: 自动化论文质量检测，三种模式：
python validate_thesis.py format thesis_main.tex
→ 格式合规检测（27项）
- 页面边距（上下2.5cm/左3cm/右2.5cm）
- 字体配置（SimSun/SimHei/Times New Roman）
- 宏包完整性（geometry/fontspec/xeCJK/fancyhdr等10项）
- 文档结构（\frontmatter → \mainmatter → \backmatter）
- 页眉页脚（fancyhead/fancyfoot/页码/页眉线）
- 行距（1.5倍）
python validate_thesis.py style chapter_XX.tex
→ 写作质量检测
- 机械化写作（首先/其次/列表式）
- 过短段落（<3句话）
- 引用密度（每节<3篇标记）
- 残留Markdown（**粗体**）
- 小标题统计
python validate_thesis.py fix
→ 自动修复Overfull hbox（表格加{\small}缩小）
依赖: Python 3
效果: 初始33处Overfull → 修复后15处
用途: 将章节Markdown合并导出为Word文档
输入: 6章.md文件
输出: 博士论文_完整版.docx
功能: 标题映射/表格/引用块/加粗斜体
依赖: python-docx（pip install python-docx）
用途: 生成论文用5张核心图表
输出: figures/fig1~fig5（PNG，300dpi）
图表: 收敛曲线/算法对比/集中式vs联邦/隐私-效用权衡/Non-IID影响
依赖: matplotlib, numpy
用途: 电子病历数据使用行为合规性评估
评估对象: 人使用数据的行为（主体/权限/场景/操作）
法律依据: PIPL/DSL/CSL/伦理审查办法/GB/T 35273
风险等级: 合规→基本合规→不合规→严重违法
依赖: Python 3，无第三方包
安装: winget install MiKTeX.MiKTeX
编译命令: xelatex --enable-installer thesis_main.tex
必要宏包:
- ctexbook（中文文档类）
- fontspec（字体）
- geometry（页面设置）
- fancyhdr（页眉页脚）
- hyperref（超链接）
- graphicx / booktabs / caption（图表）
- amsmath / amssymb / amsthm（数学）
- setspace（行距）
Python ≥ 3.8
可选: python-docx（Word导出用）
可选: matplotlib + numpy（图表生成用）
位置: skills/thesis-formatter/SKILL.md
用途: 学位论文格式编排规范参考（WorkBuddy Skill）
覆盖内容:
- 标题序号体系（h1-h5 + ctexbook配置）
- 参考文献格式（GB/T 7714-2015 + biblatex）
- 字体字号对齐规范
- 内容风格规范（段落/引用/小标题）
- 图文混排规范（浮动体/图题表题/交叉引用/图表目录）
- 小标题规范（8种模式：目标/贡献/发现/建议/步骤/验证点/层面/四级编号）
- 机器验证体系（format + style + fix）
| 指标 | 初始 | 处理后 | 改善 |
|---|---|---|---|
| Overfull hbox | 33处 | 15处 | ↓55% |
| Markdown残留 | 18处 | 0处 | ↓100% |
| PDF页数 | 91页 | 83页 | ↓9% |
| 格式检测覆盖 | — | 27项全通过 | — |
| 自动修复成功率 | — | 100% | — |
综合评价： 自动工具覆盖约80%格式问题，节省约90%验证时间。剩余20%（宽表格排版）需人工微调。
论文6章结构:
第1章 绪论（h2:9 + h3:10）
第2章 理论基础与文献综述（h2:7 + h3:17）
第3章 部署模式安全特性分析（h2:7 + h3:17）←深改版
第4章 DS-CRIF风险识别框架（h2:9 + h3:26）
第5章 系统实证验证与案例分析（h2:10 + h3:21）
第6章 结论与展望（h2:11 + h3:25）
总标题数: 175个（h1:6 + h2:53 + h3:116）
总页数: 83页PDF
配套产出:
- 联邦学习实验（19轮自动验证，准确率99.96%-99.98%）
- EIAF审计体系（LSTM，延迟↓70%，带宽↓82.2%）
- CVSS评估模型（ES-CRIF + DS-CRIF，ESDR 96.3%）
- 文献计量学分析（投稿Annals of Medicine）