AI Param Tool 🧬

AI Param Tool — это репозиторий, посвященный разработке и реализации протоколов для параметризации молекул. Проект предназначен для исследователей в области вычислительной химии, молекулярного моделирования и drug design. Здесь вы найдете инструменты и методы для автоматизации процесса параметризации на основе нейронной сети Espaloma Charge.

---

🚀 Краткое описание

Целью данного репозитория является разработка и улучшение протокола по параметризации модифицированных аминокислот для силового поля amber 14 sb с использованием нейронной сети Espaloma Charge.

---

⚙️ Установка окружения

Для удобства работы подготовлено два окружения:

1. ai_topmol.yml — окружение, готовое к использованию в комплексе с модифицированной библиотекой Espaloma Charge.
2. psiresp_env.yml — окружение, содержащее библиотеку для квантово-химических расчетов psiresp.

📁 Описание ключевых папок

• data/: Папка с результатами расчетов зарядов методами resp (библиотека psiresp) и Espaloma Charge.
• datasets/: Папка с наборами данных структур аминокислот и их модификаций.
• espaloma-charge: Оригинальная модель Espaloma Charge
• espaloma-charge_mod: Модифицированная модель Espaloma Charge, добавление возможности фиксировать заряды отдельных атомов
• notebooks_and_examples: Папка с примерами применения программного конвейера по параметризации модифицированных остатков.

📁 Описание ключевых ноутбуков

• notebooks_and_examples/Lysine_*TYPE_MODIFICATION*:

  • 1_charge_calculation.ipynb : Ноутбук для генерации pdb модифицированного остатка и расчета парциальных зарядов.
  • 2_generate_topology.ipynb: Ноутбук для генерации файлов топологии (itp) с использованием библиотеки acpype

• notebooks_and_examples/

  • 3_edd_topology.ipynb : Ноутбук для генерации файла топологии остатка (rtp) и дополнительных файлов для модификации силового поля

  • datasets_parsing.ipynb: Ноутбук для парсинга тестовых наборов данных.

  • Espaloma_ai.ipynb: Ноутбук с примером использования Espaloma Charge.

  • base_analysis.ipynb: Ноутбук с базовым анализом значений парциальных зарядов, посчитанных psiRESP и Espaloma Charge

📧 Контакты

Если у вас есть вопросы или предложения, свяжитесь с нами:

Автор: Николай Кристовский Почта: krist179@mail.ru