Skip to content

add sop-040-nl imageJ protocol - #145

Merged
hansvancalster merged 14 commits into
mainfrom
sop-040-nl
Dec 2, 2025
Merged

add sop-040-nl imageJ protocol#145
hansvancalster merged 14 commits into
mainfrom
sop-040-nl

Conversation

@Anouk4

@Anouk4 Anouk4 commented Nov 4, 2025

Copy link
Copy Markdown
Contributor

Description

Binnen het Procesbeheerproject [1] worden in elk subplot twee keer per jaar stalen van ongewervelden verzameld: één keer in mei-juni en één keer in augustus-september.
In het labo worden de ongewervelden via triage uit het strooisel gescheiden en vervolgens per taxonomische groep gesorteerd.
Met dit materiaal worden (a) groepsfoto’s gemaakt, waarop per taxonomische groep het aantal individuen en het oppervlak wordt bepaald in ImageJ (zie hiervoor deze SOP), en (b) de exemplaren gedetermineerd en ingevoerd in waarnemingen.be.

Related Issue

Task list

Steps by contributor:

  • Add description to this pull request (under "## Description")
  • Open the dropdown (triangle) near 'create pull request' and choose 'Create draft pull request'
  • Check for potential problems by running protocolhelper::check_frontmatter() and address them
  • Check for potential problems by running protocolhelper::check_structure() and address them
  • Add further commits if needed and push them to GitHub
  • Update the protocol-specific NEWS.Rmd
  • Mark the pull request as 'ready for review'

Review steps for the author(s):

  • Add reviewers, at least one subject-matter specialist and one administrator
  • Wait for review comments and address them
  • Iterate until reviewer approvals (merging the pull request will be done by an administrator)
  • Verify that the checks done by continuous integration succeeded. These will check if protocolhelper::check_frontmatter() and protocolhelper::check_structure() succeeded without errors.

To be done by an administrator after review: see guidelines for admins.

@Anouk4
Anouk4 marked this pull request as draft November 4, 2025 10:15
@Anouk4 Anouk4 self-assigned this Nov 4, 2025
@Anouk4 Anouk4 closed this Nov 4, 2025
@Anouk4 Anouk4 reopened this Nov 4, 2025
@Anouk4
Anouk4 marked this pull request as ready for review November 6, 2025 09:12

Laad de groepsfoto in via File \> Open

De groepsfoto’s bevinden zich in de map: `G:\Gedeelde drives\Procesbeheer\PB11\_Plotbemonstering\PB\_Plot_Invertebraten\FOTO\_SubPlot_Invertebraten\Groepsfoto`

@hansvancalster hansvancalster Nov 7, 2025

Copy link
Copy Markdown
Collaborator

Choose a reason for hiding this comment

The reason will be displayed to describe this comment to others. Learn more.

Deze lange foldernaam wordt niet volledig getoond in zowel de html als de pdf versie. Is het nodig om deze foldernaam in het protocol op te nemen? Kan je het algemener schrijven, bv "Sla de groepsfoto's op in een map met de naam Groepsfoto."?
Indien je dit toch wil opnemen in het protocol, dan zou ik volgende manier gebruiken:

```{r results = "asis"}
G:\Gedeelde drives\Procesbeheer
    |-- PB11
        |-- _Plotbemonstering
            |-- PB
                |--__Plot_Invertebraten
                    |-- FOTO
                         |-- _SubPlot_Invertebraten
                             |-- Groepsfoto
```

Copy link
Copy Markdown
Contributor

Choose a reason for hiding this comment

The reason will be displayed to describe this comment to others. Learn more.

toch gebruiken

Comment thread source/sop/sop_040_nl_imagej_ongewervelden/06_werkwijze.Rmd Outdated
@hansvancalster

Copy link
Copy Markdown
Collaborator

@Anouk4 ik heb zonet een wijziging aangebracht in deze branch (up to date brengen met main branch) waardoor je je lokale branch zal moeten updaten met "pull" knop in het RStudio Git pane (of commando "git pull"). Als je nog hulp nodig hebt met iets laat maar weten. En als je klaar bent geef maar een sein.

@hansvancalster
hansvancalster merged commit 5c1390b into main Dec 2, 2025
3 checks passed
@hansvancalster
hansvancalster deleted the sop-040-nl branch December 2, 2025 10:24
@hansvancalster hansvancalster mentioned this pull request Jan 23, 2026
11 tasks
Sign up for free to join this conversation on GitHub. Already have an account? Sign in to comment

Labels

None yet

Projects

None yet

Development

Successfully merging this pull request may close these issues.

3 participants