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grazLet/Bioinfo-LACEN

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Bioinfo-LACEN

Repositório com material de bioinformática para os LACENS e CGLAB

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Sumário

viralflow:

CGLAB

Rede Nacional de Sequenciamento Genético

Layssa Portela Gabriel Doglas Parise (doglas.parise@saude.gov.br) Mariana Parise Número de Telefone CGLAB: +556133153790

Para mandar informações do

Obter acesso ao GISAID

O bioinformata vai ter que verificar se o LACEN ja possui algum acesso ao GISAID. Em caso de negativa, o bioinformata tera que solicitar um email institucional para o seu respectivo LACEN ou criar um novo email Gmail. Com este email institucional/Gmail o bioinformata vai se registrar na plataforma GISAID (link de registro) e notificar a CGLAB por email(email cglab) que se registrou e aguarda aprovação

Como fazer os produtos?

O título do produto precisa ser exatamente igual ao que consta no contrato, senão a OPAS devolve o produtos Faturas precisam ser exatamente igual o modelo enviado, senão OPAS devolve.

Modelo produtos (docx)

Modelo Fatura (docx)

Entrega do produto e fatura devem ser em PDF. Fatura tem que ser com assinatura em punho.

Como funciona o contrato OPAS? Insenção no imposto de rendo do contrato OPAS Onde fica o número de contrato?

Ferramentas de bioinformática para vírus utilizadas pelo EVBC - Centro Europeu de Bioinformática em Vírus : Ferramentas

Artigo da Nature da Marta (compartilhado por Filipe Rego): Genomic epidemiology of the SARS-CoV-2 epidemic in Brazil

Relatório Situacional do LACEN - SARS-CoV-2

Todo inicio de contrato requere que cada bioinformata que seja contrato e encaminhado a um dos LACENs faça um diagnóstico situacional do LACEN em relação ao sequenciamento de SARS-CoV-2 e encaminhem para o email (cglab.informacao@saude.gov.br) - Está demanda foi solicitada por email.

  • Utilizar papel timbrado do LACEN
  • Quantas rodadas de sequenciamento foram realizadas? Quantas rodadas ainda serão realizadas com os insumos já recebidos?
  • Quantas Linhagens foram sequenciadas (por rodada e ao todo)?
  • Quais as análises realizadas nestas linhagens e os softwares utilizados?
  • Quantos genomas foram depositados no GISAID até o momento?
  • Quantas linhagens foram registradas e liberadas no GAL?
  • Quais tipos de sequenciamento e plataformas são realizadas no LACEN?

Dúvidas sobre como realizar o Relatório Situacional, mandar email para o Doglas ( doglas.parise@saude.gov.br ) ou cglab.informacao@saude.gov.br

Exemplo de Relatório de acompanhamento: Relatorio AC.docx()

Manual de procedimentos obrigatórios para RNSG (Devemos disponibilizar esses documentos publicamente? ou deixar num drive privado entre a gente?)

Dúvidas em relação aos produtos ou contratos OPAS enviar para email da Andreia (andreia.borges@saude.gov.br) ou Livia (livia.castro@saude.gov.br)

Para cada sequenciamento realizado no LACEN com insumos enviados pela CGLAB/MS é necessário enviar relatórios conforme o manual de procedimentos.

Analises realizadas utilizadno GenomeDetective ou ViralFlow NextClade Iqtree MAFFT TempEst corona virus type tool Aliview MultiFASTA Builder/ cat *.fasta> multifasta.fasta UGENE Tablet IGV -broadinstitute

singularity(recomendado pelos autores) ou docker para o viralFlow

Douglas Parise notificou que haverá um treinamento nacional de bioinformática em Brasília de 21 a 25 de novembro para os bioinformatas contratados com tudo pago. Haverá aulas de linux e de sequenciamento. Cada LACEN poderá enviar 2 pessoas (1 bioinformata e +1 técnico do LACEN). - obs: o evento esta em fase de definição e informações oficiais e definitivas serão mandadas por email. (Alexandre A respeito da nova versão implementada em nextflow e com outras funcionalidades p outros vírus.)

Douglas Parise notificou que há uma demanda de obter computadores Linux de alto desempenho para cada um dos LACENs, mas no momento está em fase de aquisição, esse processo esta preso na burocracia e ainda não há previsão de datas para a chegada dos mesmos.

Alexandre +55818227-1043 (ajudou a desenvolver o viralflow)

Curadoria

OI alexandre, bem vindo, esse arquivo gerado deve ser curado, pois nem sempre as ferramentas de mapeamento/assemble acertam, fique atento com sequencias com baixa cobertura principalmente, mas observe os indels e a tradução das proteinas (verificar presença de stop codon prematuro). Depois deve-se pensar em montar o dataset para análise filogenética Oi Felipe, obrigado pela atenção. Ok então devo pegar o NT aligment e fazer a curadoria? Ou deveria pegar NT, CDS e contigs alignment, que são FASTA, transforma-los em multi fasta e só assim fazer a curadoria? entao devo transforma NT alignment em multi fasta correto?

Mas você pode fazer todas simultaneamente, salva um bom tempo. Eu alinho todas as sequencias de uma corrida com a referencia de wuham e depois analiso as regiões que contem gaps ou um conjunto de mutações vc vai precisar de uma ferramenta para visualização de arquivos de mapeamento, para verificar a região, nesse momento entra uma análise um pouco subjetiva

Eu ganhei a assinatura do geneious, fica bem fácil visualizar, eu monto pelo genome detective e faço o mapeamento utilizando o plugin BBmap pelo geneious e comparo as diferenças visualmente

Cursos

Curso de bioinformatica baseada em nuvem para COVID-19: FutureLearn

Treinamento de RNSG-LACEN disponibilizado pela CGLAB para técnicos de bancada: Google Drive

Script em R para mapear um genoma de SARS-CoV-2: R Script

Script em R para mapear todos os genomas de SARS-CoV-2 em uma pasta: R Script

Passo-a-passo para mapeamento das reads no genoma montado: (arquivo ta com falha para download)

GISAID Bioinformatics Training. (PAOLA divulgou, mas já foi) GISAID Training

https://hacktoberfest.com/

ClusTRace (enviado pelo ) - Pipeline de bioinformatica para analiuser clusters de filogenia de virus.

Geobr (enviado pela Leticia) - Pacote do R para gerar Mapas do estado e do Brasil.

Fernando Melo - LACEN-DF esta treinando a equipe do LACEN-DF "equipe seja capaz de desenhar protocolos (amplicon e shotgun) para o sequenciamento em diferentes plataformas (Illumina e Nanopore), consiga planejar e otimizar custos, faça o controle de qualidade dos resultados do sequenciamento, montagem e anotação de genomas, análise de variantes e filogeografia, e manutenção/padronização dos dados gerados" "A idéia é trabalhar sempre com problemas reais. Ontem desenhamos/discutimos possíveis protocolos pra o sequenciamento de MPX. A ideia é trabalhar o desenho dos protocolos para garantir que entendam a importância de cada etapa dos protocolos já padronizados no laboratório e o impacto de erros nessas etapas na qualidade final dos resultados do sequenciamento." "eu inclui Filogeografia apenas como exemplo de aplicação dos dados e para que pudessem entender conceito de migrações e o impacto disso nas estratégias de controle, etc.. será o ultimo módulo.. superficial.."

Filipe Rego é professor de salvador do evento SARS-CoV-2 Bioinformatics for Beginners e ele conseguiu ajuda de custo para cursos no LACEN dele para realizar treinamento no butanta com passagens e hospedagens pagas pelo LACEN.

Eventos

31 de outubro - 02 de dezembro 2022 - SARS-CoV-2 Bioinformatics for Beginners

Global Alliance for Genomics and Health (GA4GH) - 10th plenary - GA4GH agenda /Livestream/Canal do youtube

treinamento de nextflow e nf-core: https://nf-co.re/events/2022/training-october-2022

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