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XG221B/XG-Reading

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XG-Reading

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XG-Reading是一个面向生命科学论文的深度精读Codex Skill。它以论文图表、实验设计和证据强度为核心,把分散在主文、图注、Methods和Supplementary Information中的信息重建为一条可以检查的论证链,并生成结构统一的中文Word文档。

XG-Reading evidence-chain overview XG-Reading figure-level reading

上图来自虚构研究与合成数据,只用于展示输出结构,不对应任何真实论文。

核心思路

读懂论文不只是知道作者得出了什么结论,还要知道:

  • 结论由哪一张Figure、哪个panel或哪一张Table支持;
  • 实验真正测量了什么,作者又进一步推断了什么;
  • 对照、重复、统计和补充材料是否足以支撑该推断;
  • 相邻图表如何从现象推进到因果、机制或转化结论;
  • 哪些结论证据较强,哪些仍然存在替代解释。

主图从PDF文字坐标中单独提取,保留完整图注,并在下一段正文开始前结束裁剪,避免固定截图范围带入无关正文。

XG-Reading先建立论文专属的claim-to-evidence map,再逐图写作,因此不会把图表解读退化成图注翻译。

通用,但不牺牲深度

项目使用一套共享的证据判断骨架,同时针对不同生命科学研究调用不同的专业模块:

  • 分子与细胞机制;
  • 组学、单细胞与计算生物学;
  • 免疫学、微生物学与感染;
  • 结构生物学与方法开发;
  • 生物材料、药物递送、动物研究与临床转化。

每次阅读只选择一个主模块,必要时叠加一个次模块。这样既能适应不同论文,又不会用一套浅层问题清单平均化所有研究。

输出内容

生成的Word文档通常包括:

  1. 领域问题、研究缺口和本文贡献;
  2. 整篇论文的图表逻辑链;
  3. 每张主图的中文译名、逐panel译名与解读;
  4. 补充材料对主结论的支持;
  5. 可选的“未来展望”:仅整理作者在Discussion、Conclusion或明确的Future work中讨论过的局限、未解决问题或后续方向;若论文没有这类原文依据,则不生成该栏目。

文档采用固定的中文学术阅读版式,并在生成后执行结构审计和逐页渲染检查。

章节级标题与Figure X:<中文图题>居中显示;Step与panel译名等段内阅读引子保持左对齐。每张主图或主表的解读均从新页开始,便于逐图审阅和批注。

安装

下载或克隆仓库后,在仓库根目录执行:

.\install.ps1

默认安装方式会在个人Codex Skill目录创建一个指向本仓库skill/xg-reading的目录链接。这样Skill的规则、脚本与仓库始终同步,论文产出也会自动回到仓库根目录的outputs/。已有同名Skill时,先备份本地修改,再显式运行:

.\install.ps1 -ReplaceExisting

若不能使用目录链接,可复制安装并写入本地仓库路径配置:

.\install.ps1 -Mode Copy -ReplaceExisting

outputs/是本地工作区,不会被Git提交。每篇论文在其中拥有独立文件夹,最终Word位于顶层,裁图、内容JSON、渲染页和审计报告位于process/。原始PDF、补充材料和视频不会被复制,来源路径和SHA-256会记录在source-manifest.json

重新打开Codex后可显式调用:

Use $xg-reading to deeply read this life-science paper and create a Chinese Word reader.

也可以直接使用中文:

请结合主文和补充材料逐图精读这篇论文,梳理论证链、证据强度,以及作者明确讨论过的未来方向,并生成Word文档。

建议输入

  • 主文PDF;
  • Supplementary Information;
  • Supplementary Movies或可访问的视频文件;
  • 用户希望重点理解的问题。

缺少关键材料时,Skill应明确标注证据缺口,而不是根据领域常识补写不存在的数据。

准确性说明

XG-Reading用于辅助科研阅读,不替代原始论文、同行评议或研究者本人的判断。AI生成内容可能存在遗漏、误读或结论强度不当。涉及实验条件、样本量、统计方法、机制、疗效和安全性的判断,必须回到原文、完整图注、Methods、Supplementary Information及原始数据核查。

Repository status

当前仓库尚未选择开源许可证。在没有许可证的情况下,默认保留相关权利。后续如需允许他人复制、修改或分发,可再选择合适的软件许可证。

English README

See README_EN.md. The Skill continues to generate Chinese DOCX readers; the English README only documents the project for English-speaking readers.

About

Depth-preserving life-science paper reading from figures, methods, statistics, and supplementary evidence.

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