feat: 清理调用链顺序异常和重复节点

[ii76]

变更说明

本 PR 完成 Issue #5，实现对 data/entries.jsonl 中调用链顺序异常和重复节点的检测与清理。

主要变更：

• 新增 scripts/fix_trace.py
• 支持 --input、--output、--log、--report 和 --mode 参数
• 提供 check 和 fix 两种模式，默认使用保守的 check 模式
• 按 {file, line, code} 完全相同检测 trace 内部重复节点
• 重复节点保留第一次出现的位置，后续节点在 fix 模式下删除
• 重复节点的 desc 不同时标记 need_manual_review=true
• 支持整数行号和 "start-end" 区间行号
• 检测同文件内早于 entry point 或晚于 critical operation 的节点
• 跨文件调用链不进行行号比较、排序或越界删除
• 保持 trace 原始顺序，不进行全局排序
• 增加基础 schema 校验和输入文件覆盖保护
• 输出修复后的 JSONL、CSV 修改日志及 JSON 检测报告
• 新增 README_trace_fix.md 说明运行方式、处理策略和当前限制

输出文件

• outputs/entries.trace_fixed.jsonl
• outputs/trace_fix_log.csv
• outputs/trace_fix_report.json

验证结果

• 完整扫描当前 408 条 entry
• 修复前共有 2073 个 trace 节点
• 修复后保留 1711 个 trace 节点
• 检测到 7 个重复 trace 节点并完成删除
• 检测到 139 个 entry point 之前的节点
• 检测到 237 个 critical operation 之后的节点
• 删除 356 个唯一顺序异常节点
• 跳过 382 个跨文件 trace 节点的行号比较
• 7 条 entry 标记为需要人工复核
• check 模式输出与原始 data/entries.jsonl 一致
• 修复后的 JSONL 通过基础 schema 校验
• 原始 data/entries.jsonl 未被修改

重点样本

已单独统计并验证：

• entry-00103
• entry-00320
• entry-00511
• entry-00185

测试方式

python3 -m py_compile scripts/fix_trace.py
python3 scripts/fix_trace.py --mode check
python3 scripts/fix_trace.py --mode fix