feat: add auditable trace cleanup and artifact verification

[Qiyuanqiii]

目标

完成 issue #5，为 VulnGym trace 提供保守、可配置、可审计且可重复验证的结构清理流程，覆盖重复节点、同文件边界异常、整数/区间行号和跨文件调用链保护。

Closes #5

对比结论与差异化

巡查了 issue #5 当前关联的 14 个实现。#30 的产物重建不变量较完整，#58/#67 对“源码行号不等于运行时顺序”的处理更保守；本 PR 吸收这些可验证思路，但保留自己的实现和交付结构：

• 对整数和 "start-end" 区间执行完整边界分类，重叠区间始终进入人工复核。
• 分别统计 entry/critical 两侧的跨文件比较，但从不跨文件按行号排序或删除。
• 支持 safe、drop-all、none 三种重复节点策略和独立的顺序修复策略。
• verify=1 默认只记录不修改；7 个重复候选均因 desc 冲突被安全保留。
• 默认仅删除两个明确早于入口的 verify=0 节点；critical 之后节点继续保留复核。
• 新增只包含真实改动的紧凑 diff，以及按 entry/event 聚合的复核队列。
• 旧数据中的描述文本只以 SHA-256 指纹出现在 diff 中，不复制历史乱码。
• 新增独立产物验证器，逐字节重建 JSONL、JSON、Markdown、CSV，并校验输入/输出 SHA-256。
• 验证输出 trace 只能是原 trace 的有序子序列，确保没有新增或重排节点。

本 PR 不重复 #50 已提供的 plan -> decision -> apply 人工决策闭环；两者定位互补：#10 负责结构扫描、保守修复和生成产物可信度，#50 负责人工决策的防过期应用。

默认策略

• mode=check：只扫描和报告。
• mode=fix：默认仅允许修改 verify=0。
• duplicate_fix_policy=safe：仅在不会丢失冲突 desc 时合并重复节点。
• order_fix_policy=entry-before-only：只删除完全早于同文件入口的节点。
• critical 之后节点、边界重叠和 desc 冲突全部保留人工复核。
• 跨文件节点保持原始顺序，仅计数，不做行号比较。

全量扫描结果

• entries：408
• trace nodes：2,073
• duplicate candidates：7，全部存在 desc 冲突并保留
• wholly before entry：139；boundary overlap：7
• wholly after critical：237；boundary overlap：34
• cross-file comparisons skipped：907 + 751 = 1,658
• changed entries：2（entry-00103、entry-00320）
• manual-review entries：161
• compact applied diff：2 行
• aggregated review queue：255 行
• output schema errors：0

交付文件

• scripts/trace_cleanup.py：扫描、策略判断、修复和产物生成
• scripts/verify_trace_cleanup_artifacts.py：独立的防过期与不变量验证器
• tests/test_trace_cleanup.py：清理策略单元测试
• tests/test_trace_cleanup_artifacts.py：产物、哈希、有序子序列和优先样本测试
• data/entries.trace_fixed.jsonl：408 行修复后数据
• reports/trace_fix_diff.csv：2 条真实改动的结构化前后值及描述哈希
• reports/trace_review_queue.csv：255 条按 entry/event 聚合的复核项
• reports/trace_fix_report.json / .md：统计、策略和 SHA-256
• reports/trace_cleanup_acceptance_matrix.md：issue 【2026犀牛鸟】清理 VulnGym 调用链顺序异常和重复节点 #5 验收映射
• scripts/README_trace_cleanup.md：使用方式、策略和限制

详细的逐节点 JSON 日志仍可由脚本生成，但不提交 700 KB 以上的冗长文件。

验证

python scripts/trace_cleanup.py --mode fix
python -m unittest discover -s tests
python scripts/verify_trace_cleanup_artifacts.py

验证结果：

• Ran 14 tests，OK
• 408 行及 entry 顺序保持不变
• 所有非 trace 字段保持不变
• 输出 trace 有序子序列不变量通过
• 2 条紧凑 diff 与实际修改完全对应
• 所有已提交产物及 SHA-256 可重复生成
• 报告文本未发现 replacement character、连续 ???? 或常见 mojibake 标记

验证截图：