Biodiversidad en Cifras

Plataforma de cifras de biodiversidad de Colombia: un único servicio en Deno + Hono + React que sirve la API, los mapas y el sitio web desde un solo puerto. Los datos se construyen a partir de las tablas públicas del SiB Colombia (GitLab) y unas hojas complementarias, y se cargan en una base DuckDB que la aplicación consulta en vivo.

Tablas públicas (GitLab) ─┐
                          ├─→ semilla (packages/db) ─→ data/sibdata.duckdb
Hojas complementarias  ───┘                                   │
                                                              ▼
                                                   servidor Hono (packages/api)
                                                   ├─ /api/*        consultas DuckDB
                                                   ├─ /static/geo/* mapas GeoJSON
                                                   └─ *             SPA React (packages/web)
                                                              │
                                                       un solo puerto :3001

Arranque rápido

Este repositorio no incluye datos: cualquiera que lo clone reconstruye la base de datos ejecutando la canalización (descarga las cifras públicas y las carga en DuckDB). Hay dos caminos; elige uno.

Opción A — Docker (lo más simple)

docker compose up --build
# luego:
curl localhost:3001/api/health        # {"ok":true,...}
# abre http://localhost:3001

La base de datos se construye dentro de la imagen durante el build. Por defecto toma el último corte publicado en GitLab; para fijar una fecha:

SEED_ARGS="--gitlab-date=2026-05-31" docker compose up --build

Opción B — Deno local

deno task seed --gitlab-date=2026-05-31   # descarga + carga DuckDB (~1–3 min)
deno task build                           # compila el frontend React
deno task start                           # sirve en http://localhost:3001

Para desarrollo con recarga en caliente: deno task dev (API + Vite en http://localhost:5173).

Requisitos

• Deno ≥ 2.8 y unzip; o Docker para la Opción A.
• Salida a internet la primera vez (descarga las cifras de GitLab, las hojas complementarias y los módulos de Deno).

La guía completa de instalación en Ubuntu —dependencias del sistema, la canalización de datos, el procesamiento cartográfico y el despliegue— está en SETUP.md.

Estructura

.
├── deno.json            # workspace + tareas
├── packages/
│   ├── shared/          # tipos TypeScript compartidos
│   ├── db/              # semilla: GitLab + hojas → DuckDB
│   ├── api/             # servidor Hono (API + mapas + SPA)
│   │   └── static/geo/  # mapas GeoJSON (ya generados)
│   └── web/             # frontend React + Vite
├── Dockerfile
└── docker-compose.yml

Datos

La aplicación lee de data/sibdata.duckdb, que tú generas con deno task seed. El corte de datos se elige al sembrar:

Cómo	Resultado
deno task seed	último corte publicado en GitLab
deno task seed --gitlab-date=2026-05-31	último commit hasta esa fecha
deno task seed --gitlab-ref=<rama|tag|sha>	un punto exacto del repositorio

Ver SETUP.md §«Canalización de datos» para los detalles y para actualizar el corte sin editar código.

Cuidado: la estructura de temáticas afecta toda la navegación

La tabla tematica define el árbol de temáticas que alimenta la navegación del sitio y los filtros del explorador. Cambiar su estructura en la fuente (relaciones parent/slug, el orden, o el campo activa) puede romper la navegación de todo el sitio y ocultar categorías del explorador.

Puntos clave:

• Solo se muestran las filas con activa = TRUE: el árbol de temáticas (/api/tematicas/tree) filtra WHERE activa = TRUE. Si una subcategoría llega como FALSE, desaparece del explorador (por ejemplo, los apéndices de CITES o las subcategorías de exóticas).
• Las correcciones se hacen en la fuente de datos (GitLab / hojas), no editando archivos locales.
• El archivo docs/tematica-muestra.csv es una muestra de referencia con una estructura conocida y correcta (incluye qué filas deben quedar en activa=TRUE). Compárala con tu tematica de origen antes de una resiembra de producción.

Licencia

Ver LICENSE.