诺如病毒分型工具 | Norovirus Genotyping Platform
一个基于浏览器的轻量级诺如病毒基因型别鉴定工具
nov-typing 是一个纯前端实现的诺如病毒（Norovirus）基因型别自动鉴定工具。用户可直接在浏览器中提交 FASTA 格式序列，系统通过本地参考库进行无缺口滑动重叠比对，自动输出 VP1 和 RdRp 片段的组合分型结果。
无需安装任何软件，无需配置服务器环境，打开网页即可使用。
🔗 在线体验：https://nov-typing.vercel.app/ or https://cheery-horse-558665.netlify.app/
- ✅ 完全离线可用 — 参考库随项目本地加载，无需联网调用外部 API
- ✅ 支持多种输入格式 — FASTA、多 FASTA、原始核酸序列直接粘贴
- ✅ 双片段联合分型 — 同时分析 VP1 和 RdRp，输出组合型别（如
GII.17[P17]、GII.4 Sydney[P16]） - ✅ 双向比对 — 自动尝试正向与反向互补序列
- ✅ 参数可调 — 支持自定义重叠长度阈值、身份阈值、k-mer 大小及候选数上限
- ✅ 结果导出 — 一键导出 CSV 格式的分型报告
- ✅ 零后端依赖 — 纯 HTML/CSS/JS 实现，可部署至任何静态托管平台
直接访问部署好的站点：
👉 https://nov-typing.vercel.app/ 👉 https://cheery-horse-558665.netlify.app/
# 克隆仓库
git clone https://github.com/LDL0315/nov-typing.git
cd nov-typing
# 启动本地服务器（必须，否则浏览器会阻止读取 reference 目录）
python3 -m http.server 8088
# 浏览器打开
open http://localhost:8088
⚠️ 注意：直接双击index.html打开可能导致reference/目录读取失败，请务必通过本地服务器访问。
- 参考库加载：自动读取
reference/目录下的nov-vp1-*.fa和nov-rdrp-*.fa参考序列 - 基因型解析：从序列标题中自动提取基因型标签（如
GII.4、GII.P17） - 序列预处理：对输入序列同时尝试 正向 与 反向互补 两种方向
- 滑动比对：使用无缺口滑动重叠比对，计算身份度（Identity）、匹配数、重叠长度
- 结果筛选：
- 默认最小重叠长度：100 nt
- VP1 身份阈值：80%
- RdRp 身份阈值：85%
- 分型输出：
- 双片段均通过 → 按 VP1 在前、RdRp 在方括号内输出组合分型（如
GII.17[P17]） - GII.4 VP1 命中变异株 → 在 VP1 型别后追加变异株名（如
GII.4 Sydney[P16]） - 仅 VP1 片段通过 → 输出 VP1 结果并标记 RdRp 未定型（如
GII.4 Sydney[P untypeable]） - 仅 RdRp 片段通过 → 输出 RdRp 单片段结果
- 双片段均通过 → 按 VP1 在前、RdRp 在方括号内输出组合分型（如
| 参数 | 默认值 | 说明 |
|---|---|---|
| 最小重叠长度 | 100 nt | 低于此长度的匹配将被忽略 |
| VP1 身份阈值 | 80% | VP1 片段判定阈值 |
| RdRp 身份阈值 | 85% | RdRp 片段判定阈值 |
| k-mer 大小 | 13 | 用于快速预筛选的 k-mer 长度 |
| 候选数上限 | 20 | 保留的最佳候选数 |
💡 提示：对于全基因组序列，建议使用默认参数；对于短片段，可适当降低重叠长度阈值。
nov-typing/
├── index.html # 页面结构与 UI
├── styles.css # 界面样式
├── app.js # 核心逻辑：FASTA 解析、参考库加载、比对算法、CSV 导出
├── reference/ # 本地参考序列库
│ ├── nov-vp1-*.fa # VP1 参考序列
│ └── nov-rdrp-*.fa # RdRp 参考序列
└── README.md # 本文件
本软件参考 杯状病毒委员会Human Calicivirus数据库 已同步更新为April 27, 2026版本 感谢杯状病毒委员会的工作和支持！
- 2026-05 — 项目上线，支持 VP1 / RdRp 双片段联合分型
- 2026-05 — 新增 k-mer 预筛选与候选数上限配置，优化全基因组比对性能
- 2026-05 — 更新双重命名法结果展示，符合双重命名法规则
欢迎提交 Issue 或 PR：
- 补充更多参考序列
- 优化比对算法性能
- 改进 UI 交互体验
本项目仅供学术研究使用。
Made by LDL0315 using codex.