BaryonRunner

Minimal GUI per:

• caricare un file .bala
• generare automaticamente la form di file, directory e parametri
• lanciare direttamente il container descritto dal .bala
• scaricare frontend generati (Nextflow, Streamflow, Galaxy, Python, Bash, R)

Avvio

Windows:

run.bat

Linux/macOS:

chmod +x run.sh
./run.sh

GUI: http://localhost:8082

Stato attuale

Questo è un prototipo funzionante. Fa queste cose:

• parse di [research], [run], [file], [directory], [parameter]
• tollera anche il typo [directoy]
• crea una form dinamica
• permette di cambiare i parametri invece di usare solo i default
• esegue il docker definito in [run]
• genera zip con frontend esportati

Nota pratica

Per l'esecuzione diretta, il runner usa convenzioni semplici:

• i file con flag=r vengono montati come sola lettura sotto /baryon/input/...
• i file con flag=c vengono copiati nella workDir se presente
• ogni [directory] viene montata come /baryon/<name>

Quindi è ottimo per testare subito la UX, ma potresti voler raffinare in seguito la semantica precisa dei mount/path.