Redes Complejas

Este repositorio contiene herramientas y scripts para analizar cualquier tipo de red utilizando diferentes modelos y técnicas. A continuación, se describen los diferentes componentes del proyecto y cómo utilizarlos.

Warning

Las redes que contienen nodos desconectados pueden dar lugar a problemas en el cálculo de las propiedades de la red.

Introducción

El objetivo de este proyecto es proporcionar una serie de herramientas para la manipulación, análisis y simulación de redes. Utilizando scripts en Python y un Makefile para automatizar tareas, se puede procesar un archivo de red, preparar las redes con método Configurational Model (CMs), analizarlas y ejecutar un modelo SIS (Susceptible-Infected-Susceptible) sobre la red.

Estructura del Proyecto

• Makefile: Archivo de automatización de tareas que facilita la ejecución de diferentes procesos.
• Scripts en Python: Varios scripts encargados de realizar tareas específicas sobre la red.
• Directorios de Trabajo:
  • plots/: Almacena los gráficos generados.
  • outputs/: Almacena las salidas generadas.
  • networks/: Contiene los archivos de red de entrada.

Modelos y Scripts

Variables en el Makefile

• INPUT: Nombre del archivo de red de entrada (por defecto astro.txt).
• INPUT_FILE: Ruta completa al archivo de entrada dentro del directorio networks.
• INPUT_FILE_NEW: Ruta al archivo de entrada procesado.
• DIR: Nombre del directorio basado en el archivo de entrada.
• DIR_CM: Directorio específico para el análisis de CMs.
• FFLAGS: Flags para el compilador (en caso de uso).

Reglas en el Makefile

Retoque del Archivo de Entrada

$(INPUT_FILE_NEW): $(INPUT_FILE) retocar.py
	python3 retocar.py $(INPUT_FILE)

Esta regla procesa el archivo de entrada utilizando retocar.py y genera un nuevo archivo procesado.

Ejecución con Python y Preparación de Directorios

xpy: $(INPUT_FILE_NEW) xarxes.py
	cmd /C if not exist plots\\$(DIR) md plots\\$(DIR)
	cmd /C if not exist outputs\\$(DIR) md outputs\\$(DIR)
	python3 xarxes.py $(INPUT_FILE_NEW)

Ejecuta xarxes.py con el archivo de entrada procesado y crea los directorios necesarios para almacenar los gráficos y salidas.

Preparación de CMs

p5: $(INPUT_FILE_NEW) crear_CMs.py
	cmd /C if exist CMs rmdir /S /Q CMs
	python3 crear_CMs.py $(INPUT_FILE_NEW)

Elimina el directorio CMs si existe y ejecuta crear_CMs.py para preparar las redes CM.

Análisis de CMs

a5:
	cmd /C if not exist plots\\$(DIR_CM) md plots\\$(DIR_CM)
	cmd /C if not exist outputs\\$(DIR_CM) md outputs\\$(DIR_CM)
	python3 analizar_CMs.py

Verifica y crea los directorios necesarios para los gráficos y salidas de los CMs, luego ejecuta analizar_CMs.py para el análisis.

Ejecución del Modelo SIS

sis: $(INPUT_FILE_NEW) SIS.py
	cmd /C if not exist plots\\SIS md plots\\SIS
	python3 SIS.py $(INPUT_FILE_NEW)

Verifica y crea el directorio necesario para los gráficos del modelo SIS y ejecuta SIS.py con el archivo de entrada procesado.

Limpieza de Directorios CMs

clean5:
	cmd /C if exist CMs rmdir /S /Q CMs

Elimina el directorio CMs si existe, limpiando el entorno de trabajo.

Ayuda

help:
	@echo "xpy - Ejecuta 'xarxes.py' con el archivo de entrada procesado."
	@echo "p5 - Prepara el entorno eliminando el directorio CMs si existe y luego ejecuta 'crear_CMs.py' para preparar los CMs."
	@echo "a5 - Verifica y crea los directorios necesarios para los plots y outputs de los CMs, luego ejecuta 'analizar_CMs.py' para el análisis."
	@echo "sis - Verifica y crea el directorio necesario para los plots del modelo SIS, luego ejecuta 'SIS.py' con el archivo de entrada procesado."
	@echo "clean5 - Elimina el directorio CMs si existe, limpiando el entorno de trabajo."

Uso

Para ejecutar las diferentes tareas, utiliza las siguientes reglas del Makefile:

• Procesar archivo de entrada: make $(INPUT_FILE_NEW)
• Ejecutar análisis con xarxes.py: make xpy
• Preparar redes CM: make p5
• Analizar redes CM: make a5
• Ejecutar modelo SIS: make sis
• Limpiar entorno: make clean5
• Mostrar ayuda: make help

Contribuciones

Albert Plazas