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Docker镜像使用说明

STABOX所需的依赖环境已提供为Docker镜像，方便用户快速部署。

下载 Docker 镜像

请从以下链接下载STABOX的Docker镜像压缩文件（XZ格式）：

下载链接

下载完成后，使用以下命令解压文件：

xz -d -T0 zhanglab_stabox.tar.xz

其中，-T0选项表示自动选择多个CPU进行解压，以加快解压速度。

加载 Docker 镜像

确保你已经安装并配置了Docker环境。然后使用以下命令加载镜像：

docker load -i zhanglab_stabox.tar

可以通过以下命令查看已加载的镜像：

docker images

应该可以看到 zhanglab_stabox 镜像。

运行 Docker 容器

运行容器时，可以通过以下命令启动容器：

docker run --gpus all -it -v /mnt/disk1/LZJ/project/STABox:/home -d zhanglab_stabox
  • --gpus all：表示允许容器访问宿主机的所有GPU。
  • -v /mnt/disk1/LZJ/project/STABox:/home：此参数将本地的STABox代码目录映射到Docker容器的/home目录，便于在容器中运行代码。

GPU 支持问题

如果你遇到以下错误：

docker: Error response from daemon: could not select device driver "" with capabilities: [[gpu]].

说明你的Docker环境目前不支持GPU。要启用GPU支持，请按照以下步骤安装 nvidia-docker2：

  1. 安装 nvidia-container-toolkit：
curl -fsSL https://nvidia.github.io/libnvidia-container/gpgkey | sudo gpg --dearmor -o /usr/share/keyrings/nvidia-container-toolkit-keyring.gpg && curl -s -L https://nvidia.github.io/libnvidia-container/stable/deb/nvidia-container-toolkit.list | sed 's#deb https://#deb [signed-by=/usr/share/keyrings/nvidia-container-toolkit-keyring.gpg] https://#g' | sudo tee /etc/apt/sources.list.d/nvidia-container-toolkit.list
  1. 更新 apt 包列表并安装 nvidia-container-toolkit：
sudo apt-get update
sudo apt-get install -y nvidia-container-toolkit
  1. 配置 Docker 使用 NVIDIA GPU：
sudo nvidia-ctk runtime configure --runtime=docker
  1. 重启 Docker 服务：
sudo systemctl restart docker

运行 STABOX

完成以上设置后，你就可以在Docker容器中运行STABOX进行训练、测试、预测等操作。